蛋白质分子的结构与功能.docx

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1、蛋白质分子的结构与功能目录1 .序言12 .蛋白质分子的结构层次32.1.概述32.2.一级结构32.3.二级结构42.4.超二级结构62 .5.三级结构73 .6.四级结构74 .蛋白质结构域85 .蛋白质分子的微观修饰86 .蛋白质的结构变化导致功能改变97 .蛋白质分子的结构应用91. 1.在结构基因组学中的应用96. 2.在药物设计中的应用107. 3.在蛋白质设计中的应用108 .总结I11 .序百在生命体内，蛋白质分子是由约20种氨基酸残基组成的单链或多链多肽。通常，把含50个氨基酸残基以上者称为蛋白质，含50个氨基酸残基以下者则常常被称为多肽。蛋白质结构是指蛋白质分子的空间结构。

2、蛋白质主要由碳、氢、氧、氮等化学元素组成，是一类重要的生物大分子，所有蛋白质都是由20种不同氨基酸连接形成的多聚体，在形成蛋白质后，这些氨基酸又被称为残基。蛋白质和多肽之间的界限并不是很清晰，有人基于发挥功能性作用的结构域所需的残基数认为，若残基数少于40,就称之为多肽或肽。要发挥生物学功能，蛋白质需要正确折叠为一个特定构型，主要是通过大量的非共价相互作用（如氢键，离子键,范德华力和疏水作用）来实现；此外，在一些蛋白质（特别是分泌性蛋白质）折叠中，二硫键也起到关键作用。为了从分子水平上了解蛋白质的作用机制，常常需要测定蛋白质的三维结构。由研究蛋白质结构而发展起来了结构生物学，采用了包括X射线晶

3、体学、核磁共振等技术来解析蛋白质结构。一定数量的残基对于发挥某一生物化学功能是必要的；40-50个残基通常是一个功能性结构域大小的下限。蛋白质大小的范围可以从这样一个下估计的蛋白质的平均长度在不同的物种中有所区别，一限一直到数千个残基。般约为200-380个残基，而真核生物的蛋白质平均长度比原核生物长约55%0更大的蛋白质聚合体可以通过许多蛋白质亚基形成；如由数千个肌动蛋白分子聚合形成蛋白纤维。2 .蛋白质分子的结构层次2.1. 概述蛋白质分子是由氨基酸首尾相连缩合而成的共价多肽链，但是天然蛋白质分子并不是走向随机的松散多肽链。每一种天然蛋白质都有自己特有的空间结构或称三维结构，这种三维结构通

4、常被称为蛋白质的构象，即蛋白质的结构。蛋白质的分子结构可划分为四级，以描述其不同的方面：一级结构：组成蛋白质多肽链的线性氨基酸序列。二级结构：依靠不同氨基酸之间的C=O和N-H基团间的氢键形成的稳定结构，主要为Q螺旋和B折叠。三级结构：通过多个二级结构元素在三维空间的排列所形成的一个蛋白质分子的三维结构。四级结构：用于描述由不同多肽链(亚基)间相互作用形成具有功能的蛋白质复合物分子。除了这些结构层次，蛋白质可以在多个类似结构中转换，以行使其生物学功能。对于功能性的结构变化，这些三级或四级结构通常用化学构象进行描述,而相应的结构转换就被称为构象变化。蛋白质具有特定和高度有序的结构。蛋白质的分子结

5、构有4个层次，即一级、二级、三级和四级结构。2. 2.一级结构一级结构是指蛋白质肽链中的氨基酸共价结合的排列顺序，是最基本的结构。蛋白质的一级结构(PrimaryStrUetUre)就是蛋白质多肽链中氨基酸残基的排列顺序(SeqUenCe),也是蛋白质最基本的结构。它是由基因上遗传密码的排列顺序所决定的。各种氨基酸按遗传密码的顺序，通过肽键连接起来，成为多肽链，故肽键是蛋白质结构中的主键。迄今已有约一千种左右蛋白质的一级结构被研究确定，如胰岛素，胰核糖核酸酶、胰蛋白酶等。蛋白质的一级结构决定了蛋白质的二级、三级等高级结构，成百亿的天然蛋白质各有其特殊的生物学活性，决定每一种蛋白质的生物学活性的

6、结构特点,首先在于其肽链的氨基酸序列，由于组成蛋白质的20种氨基酸各具特殊的侧链,侧链基团的理化性质和空间排布各不相同，当它们按照不同的序列关系组合时,就可形成多种多样的空间结构和不同生物学活性的蛋白质分子。蛋白质分子的多肽链并非呈线形伸展，而是折叠和盘曲构成特有的比较稳定的空间结构。蛋白质的生物学活性和理化性质主要决定于空间结构的完整，因此仅仅测定蛋白质分子的氨基酸组成和它们的排列顺序并不能完全了解蛋白质分子的生物学活性和理化性质。例如球状蛋白质(多见于血浆中的白蛋白、球蛋白、血红蛋白和酶等)和纤维状蛋白质(角蛋白、胶原蛋白、肌凝蛋白、纤维蛋白等)，前者溶于水，后者不溶于水，显而易见，此种性

7、质不能仅用蛋白质的一级结构的氨基酸排列顺序来解释。蛋白质的空间结构就是指蛋白质的二级、三级和四级结构。3. 3.二级结构二级结构是指肽链骨架原子即氨基氮和碳原子的相对空间位置，主要包括-螺旋、折叠、B转角和无规则卷曲，并不涉及侧链基团的构象。由于分子量很大，一个蛋白质分子可含有多个或多种二级结构。蛋白质的二级结构(SeCOndaryStnJetUre)是指多肽链中主链原子的局部空间排布即构象，不涉及侧链部分的构象。1 .肽键平面(或称酰胺平面，amidep1ane)PaUHng等人对一些简单的肽及氨基酸的酰胺等进行了X线衍射分析，从一个肽键的周围来看，得知：(1)肽键中的CN键长0.132nm

8、,比相邻的N-C单键(0.147nm)短，而较一般C=N双键(0.128nm)长，可见，肽键中-C-N-键的性质介于单、双键之间，具有部分双键的性质，因而不能旋转，这就将固定在一个平面之内。(2)肽键的C及N周围三个键角之和均为360,说明都处于一个平面上,也就是说六个原子基本上同处于一个平面，这就是肽键平面。肽链中能够旋转的只有Q碳原子所形成的单键，此单键的旋转决定两个肽键平面的位置关系，于是肽键平面成为肽链盘曲折叠的基本单位。(3)肽键中的C-N既具有双键性质，就会有顺反不同的立体异构，己证实处于反位。2 .蛋白质主链构象的结构单元1)一螺旋PaU1ing等人对一角蛋白(keratin)进

9、行了X线衍射分析，从衍射图中看到有0.50.55nm的重复单位，故推测蛋白质分子中有重复性结构，并认为这种重复性结构为一螺旋(he1ix).一螺旋的结构特点如下：多个肽键平面通过Q碳原子旋转，相互之间紧密盘曲成稳固的右手螺旋。主链呈螺旋上升，每3.6个氨基酸残基上升一圈，相当于0.54nm,这与X线衍射图符合。相邻两圈螺旋之间借肽键中C=O和H桶形成许多链内氢健，即每一个氨基酸残基中的NH和前面相隔三个残基的C=O之间形成氢键，这是稳定螺旋的主要键。肽链中氨基酸侧链R,分布在螺旋外侧，其形状、大小及电荷影响a螺旋的形成。酸性或碱性氨基酸集中的区域，由于同电荷相斥，不利于Q一螺旋形成；较大的R(

10、如苯丙氨酸、色氨酸、异亮氨酸)集中的区域，也妨碍a一螺旋形成；脯氨酸因其Q一碳原子位于五元环上，不易扭转，加之它是亚氨基酸，不易形成氢键，故不易形成上述a一螺旋；甘氨酸的R基为H,空间占位很小,也会影响该处螺旋的稳定。3 )一片层结构Astbury等人曾对B一角蛋白进行X线衍射分析，发现具有0.7nm的重复单位。如将毛发Q一角蛋白在湿热条件下拉伸，可拉长到原长二倍，这种Q螺旋的X线衍射图可改变为与B角蛋白类似的衍射图。说明B一角蛋白中的结构和Q螺旋拉长伸展后结构相同。两段以上的这种折叠成锯齿状的肽链，通过氢键相连而平行成片层状的结构称为B片层(B-p1eatedSheet)结构或称B折迭。B片

11、层结构特点是：是肽链相当伸展的结构，肽链平面之间折叠成锯齿状，相邻肽键平面间呈110角。氨基酸残基的R侧链伸出在锯齿的上方或下方。依靠两条肽链或一条肽链内的两段肽链间的C=O与N-H形成氢键，使构象稳定。两段肽链可以是平行的，也可以是反平行的。即前者两条链从“N端”到“C端”是同方向的，后者是反方向的。B一片层结构的形式十分多样，正、反平行能相互交替。平行的B片层结构中，两个残基的间距为0.65nm；反平行的B一片层结构，则间距为0.7nm.4 )B一转角蛋白质分子中，肽链经常会出现180。的回折，在这种回折角处的构象就是B转角(Bturn或B-bend)。B一转角中，第一个氨基酸残基的C=O

12、与第四个残基的N-H之间形成氢键，从而使结构稳定。4)无规卷曲没有确定规律性的部分肽链构象，肽链中肽键平面不规则排列，属于松散的无规卷曲(randomcoi1)。2.4.超二级结构超二级结构(SUPerSeCondaryStrUCtUre)是指在多肽链内顺序上相互邻近的二级结构常常在空间折叠中靠近，彼此相互作用，形成规则的二级结构聚集体。发现的超二级结构有三种基本形式：螺旋组合(Qa)；B折叠组合(BB)和Q螺旋B折叠组合(B),其中以BoB组合最为常见。它们可直接作为三级结构的“建筑块”或结构域的组成单位，是蛋白质构象中二级结构与三级结构之间的一个层次，故称超二级结构。结构域(domain)

13、也是蛋白质构象中二级结构与三级结构之间的一个层次。在较大的蛋白质分子中，由于多肽链上相邻的超二级结构紧密联系，形成二个或多个在空间上可以明显区别它与蛋白质亚基结构的区别。一般每个结构域约由100200个氨基酸残基组成，各有独特的空间构象，并承担不同的生物学功能。如免疫球蛋白(IgG)由12个结构域组成，其中两个轻链上各有2个，两个重链上各有4个；补体结合部位与抗原结合部位处于不同的结构域。一个蛋白质分子中的几个结构域有的相同，有的不同；而不同蛋白质分子之间肽链中的各结构域也可以相同。如乳酸脱氢酶、3一磷酸甘油醛脱氢酶、苹果酸脱氢酶等均属以NAD+为辅酶的脱氢酶类，它们各自由2个不同的结构域组成

14、，但它们与NAD+结合的结构域构象则基本相同。2.5.三级结构三级结构是指肽链中全部氨基酸残基的相对空间位置，包括每一个原子在三维空间的排列位置。三级结构的形成和稳定主要靠非共价键，包括疏水键、离子键(盐键)、氢键和范德华引力等。例如，疏水性氨基酸的侧链疏水基团，具有避开水分子，相互聚集并将自身藏于蛋白质分子内部的自然趋势，这种结合力叫疏水键，帮助蛋白分子内部形成疏水区域。蛋白质的多肽链在各种二级结构的基础上再进一步盘曲或折迭形成具有一定规律的三维空间结构，称为蛋白质的三级结构(tertiarystructure)。蛋白质三级结构的稳定主要靠次级键，包括氢键、疏水键、盐键以及范德华力(Vand

15、erWaaISforCe)等。这些次级键可存在于一级结构序号相隔很远的氨基酸残基的R基团之间，因此蛋白质的三级结构主要指氨基酸残基的侧链间的结合。次级键都是非共价键，易受环境中pH、温度、离子强度等的影响，有变动的可能性。二硫键不属于次级键，但在某些肽链中能使远隔的二个肽段联系在一起，这对于蛋白质三级结构的稳定上起着重要作用。现也有认为蛋白质的三级结构是指蛋白质分子主链折叠盘曲形成构象的基础上，分子中的各个侧链所形成一定的构象。侧链构象主要是形成微区(或称结构域domain)。对球状蛋白质来说，形成疏水区和亲水区。亲水区多在蛋白质分子表面，由很多亲水侧链组成。疏水区多在分子内部，由疏水侧链集中构成，疏水区常形成一些“洞穴”或“口袋”，某些辅基就镶嵌其中，成为活性部位。具备三级结构的蛋白质从其外形上看,有的细长(长轴比短轴大10倍以上),属于纤维状蛋白质(fibrousprotein),如丝心蛋白；有的长短轴相差不多基本上呈球形，属于球状蛋白质(g1obu1arprotein),如血浆清蛋白、球蛋白、肌红蛋白，球状蛋白的疏水基多聚集在分子的内部，而亲水基则多分布在分子表面，因而球状蛋白质是亲水的，更重要的是，多肽链经过如此盘曲后，可形成某些发挥生物学功能的特定区域，例如酶的活性中心等。2.6.四级结构由单条肽链形成的蛋白质只有一级、二级和三级结构。然而，