2021 年 12 月英格兰 Omicron 感染迅速增加：REACT-1 研究.docx

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1、2021年12月英格兰Omicron感染迅速增加:REACT1研究抽象的2021年12月期间SARS-CoV-2感染史无前例的上升与Omicron变体在英格兰和全球范围内的迅速传播同时发生。我们分析了2021年11月底至2021年12月中旬在英格兰的近100,000名REACT-1研究参与者中SARS-CoV-2的流行情况及其动态。2021年12月期间，随着全国，特别是伦敦的快速增长，流行率很高，并且由于Omicron引起的感染比例越来越高。我们观察到，与未接种疫苗的年幼儿童（5T1岁）相比，大多数接种疫苗的年龄较大的儿童（12-17岁）的拭子阳性率大幅下降，而接受第三剂（加强剂）疫苗的成年人

2、与两剂相比，拭子阳性率大幅下降。我们的结果强化了疫苗接种和加强活动的重要性，自2021年11月发现以来，Omicron变体已在全球迅速传播，这可能是由于其病毒刺突蛋白（1）中的基因突变所致。此外，已经发现疫苗诱导的针对Delta变体（及其亚谱系）的保护正在减弱（2）。自2020年5月以来，随着英格兰的第一波感染下降，社区传播实时评估（REACT-1）研究（3-5）一直在跟踪SARS-CoV-2病毒在英格兰的传播情况。REACT-1绘制了从第12轮（2021年5月21日至6月7日）到第13轮（2021年6月24日至7月12日）（5）完全替代Alpha的图表。通过第16轮（2021年11月23日至

3、12月14日）数据，我们记录了Omicron在英格兰的早期传播。英格兰的SARS-CoV-2疫苗接种计划发展迅速。2021年9月，除了为16岁及以上的人提供疫苗外，还为12至15岁的儿童提供了一剂疫苗。到2021年12月12日，安排第三剂（加强）剂量的机会已扩大到所有成年人（18岁及以上），并加紧努力尽快提供加强剂量。与此同时，加快向12至17岁儿童推出疫苗接种计划，12至15岁以及16至17岁儿童可以接种第二剂疫苗（6）o在这里，我们使用基于社区的REACT-1研究记录了英格兰Omicron的早期发现，以避免病例发病率数据中出现的偏差，包括那些由于寻求测试行为和有限的测试能力（4）我们将第1

4、6轮的SARS-CoV-2拭子阳性率与前几轮进行比较。在第16轮（2021年11月23日至12月14日）中，随机抽取了803,864名英格兰5岁及以上的个人参加。其中，129,534份（16.1%）已登记，97,089份（12.1%）提供了有效的RT-PCR检测结果的自我管理的咽喉和鼻拭子，包括2021年12月15日至17日获得的661份样本（12份阳性）（见补充材料和图S1）。共检测到1,192个阳性拭子，总体加权流行率为1.41%（1.33%, 1.51%）,是自REACT-1开始数据收集（从2020年5月1日起）以来观察到的第三高（表SI） O所有REACT-1数据的P样条模型显示，从2

5、021年12月1日左右开始的第16轮期间加权患病率增加（图1A）。我们根据每日加权患病率的指数模型估计了整个第16轮的繁殖数R = 1.09 （1.04, 1.14）,假设gamma分布的世代时间平均为4.6天,标准差为3.1天（7 ）. 受限于12月的数据，R的估计值为1. 19 （1.10, 1.28）（表1） o我们还发现18至54岁人群的加权患病率增加，整个第16轮R=1. 16 （1. 10, 1.23）,仅12月R=1.29（1.16, 1.42）（表1）,与P样条模型（图1B）。OctNovDecDayof swabo O 八k5.3.A () gu 一 BA0Q:AgeT 17

6、arxJunder 18XM - 55andowA小”A9tGroup图lo英格兰SARS-CoV-2拭子阳性流行的动态。（-）指数模型与第16轮（绿色）、11月23 R至30 R （蓝色）和12月I日以后（红色）的第16轮比较，以及适用于所有轮次REACT-1的P样条模型（黑色，此处仅显示第14、15和16轮）。蓝色和红色阴影区域显示指数模型的95%后置可信区间，灰色阴影区域显示P样条模型的50% （深灰色）和95% （浅灰色）后置可信区间。显示第14轮、第15轮和第16轮每天采样的结果（X轴），并以对数刻度显示拭子阳性率（Y轴）。还显示了加权观察值（黑点）和95%置信区间（垂直线）。（乙）

7、适用于17岁及以下（红色）、18至54岁（蓝色）和55岁及以上（绿色）的人的P样条模型。（C）第15轮和第16轮按年龄组的拭子阳性加权患病率。条形显示患病点估计值（第15轮为灰色，第16轮为橙色），垂直线代表95%置信区间。在查看器中打开加倍（+）/减半增长率（每概率（-）时间（以天天）为单位）第16轮地区增长率(每天)R概率R1加倍(+)/减半(-)时间(以天为单位)0.0191.090.9936.1(71.7,(0.010,(1.04,24.1)0.029)1.14)17岁及以下-0.019(-0.910.01-35.7(-19.6,*)0.035,-(0.84,0.004)0.98)18

8、至54岁0.0341.160.9920.3(33.6,(0.021,(1.10,14.6)0.047)1.23)55岁及以上0.005(-1.020.640.022,(0.90,0.032)1.15)东米德兰兹0.010(-1.050.750.020,(0.91,0.040)1.19)WestMidlands0.019(-1.090.860.017,(0.93,0.054)1.26)Eastof0.013(-1.060.79England0.019,(0.92,0.043)1.21)London0.0601.290.9911.6(17.5,8.7)(0.040,(1.19,0.080)1.40

9、)NorthWest0.001(-1.000.520.032,(0.86,0.034)1.16)所有积极因素年龄Age增长率(每天)R概率R1NorthEast-0.018(-0.920.270.078,(0.68,0.038)1.18)SouthEast0.0221.100.97(0.000,(1.00,0.044)1.21)SouthWest-0.005(-0.980.380.035,(0.85,0.024)1.11)Yorkshireand-0.022(-0.900.10TheHumber0.056,(0.76,0.012)1.06)Round16(Decemberonly)0.0391

10、.190.99(0.021,(1.10,0.057)1.28)Aged17and-0.014(-0.940.19under0.045,(0.80,0.017)1.08)Aged18to540.0581.290.99(0.034,(1.16,0.083)1.42)Aged55and0.011(-1.050.65over0.044,(0.81,0.063)1.31)加倍(+)/减半(-)时间(以天为单位)positives11.9(20.2,8.4)17.8(32.9,12.2)增长率(每概率天)RR1EastMidlands0.047(-1.230.950.009,(0.96,0.101)1.5

11、2)WestMidlands-0.018(-0.920.290.084,(0.65,0.045)1.22)Eastof0.032(-1.150.86England0.028,(0.88,0.090)1.46)伦敦0.0851.430.99(0.050,(1.24,0.120)1.63)西北-0.004(-0.980.460.070,(0.71,0.058)1.29)东北0.067(-1.340.870.051,(0.78,0.186)2.05)东南0.0471.230.99(0.007,(1.03,0.087)1.44)西南-0.027(-0.880.190.089,(0.64,0.032)1

12、.15)约克郡和亨伯-0.004(-0.980.460.072,(0.70,0.062)1.30)Region加倍(+)/减半(-)时间(以天为单位)8.2(14.0,5.8)14.6(*,7.9)展开了解更多表1。指数模型的增长率（得天）、繁殖数和倍增/减半时间（以天为单位）的表符合第16轮（2021年11月23日至12月14日）的数据。数据包括从2021年12月15日至17日获得的N=661个样本（12个阳性）。仅当R的95%可信区间不包括1时，才会显示加倍/减半时间估计值。*倍增/减半时间的估计量级大于50天，因此代表大致恒定的流行率。在查看器中打开我们发现了强有力的证据表明伦敦的加权患病率在全国范围内最高，为1.8攸（1.5996、2.12%）,而第15轮的加权患病率为1.23%（1.0396、1.47%）（图2A和表S2）o对于伦敦，我们估计整个第16轮的R为1.29（1.19,1.40）,仅在12月期间为