2023非小细胞肺癌融合基因检测临床实践中国专家共识（最全版）.docx

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1、2023非小细胞肺癌融合基因检测临床实践中国专家共识(最全版)摘要基因融合是非小细胞肺癌中一类重要的分子变异。近十余年来，针对融合基因的靶向治疗进展迅速，为特定融合基因阳性患者带来显著临床获益。然而，基因融合形成机制多样，检测方法众多，不同方法各有优缺点，在临床分子检测中相对复杂。本文旨在从融合基因检测的临床意义、适用人群、常见融合基因的共性和特性、常用检测方法优缺点和检测策略优化等多个角度出发，基于国内外临床检测实践，达朋E小细胞肺癌融合基因检测的中国专家共识，以规范融合基因的分子检测，精准筛选适合特定靶向治疗的患者人群。正文融合基因是指两个不同基因的部分或全部序列相连形成的新的混合基因，其

2、编码产生的融合蛋白能够介导肿瘤的发生发展。在非小细胞肺癌(NSC1C)中，基因融合作为一类重要的分子变异，是靶向治疗的理想靶点，因此，精准检测NSC1C中的基因融合以筛选可从相应靶向治疗中获益的患者至关重要。但由于基因融合的形成机制多样，检测平台众多，其临床检测相对复杂，不同基因在检测上存在共性和特性，现有相关指南和共识或仅针对单个基因的检测，或针对整个NSC1C驱动基因变异谱的检测，缺乏针对融合基因、涵盖其共性和特性的检测临床实践共识意见，故不足以为融合基因的临床分子检测提供全面的指导和建议。因此，由具有丰富理论和检测实践经验的临床与病理专家共同发起并制定本共识，旨在为NSC1C融合基因的精

3、准检测提供指导和帮助。本共识制定计划已在国际实践指南注册平台（http:/www.guide1ines-registry.org/）注册。基于国内外临床实践数据并结合我国国情与分子检测需求，由50位临床与病理专家通过共识会议和线上投票形成推荐意见和推荐等级。本共识共总结了12条检测相关意见要点，参考推荐等级的评估、制订和评价（GRADE）方法，分为强烈推荐推荐和无共识3个等级。其中专家组投非常同意的票数超过2/3的意见为强烈推荐，专家组投非常同意+基本同意的票数超过2/3的意见为推荐，否则不达成共识。基于靶向药物的可及性，本共识将融合基因分为必检基因与扩展基因两类。必检基因包括间变性淋巴瘤激酶

4、（A1K）、c-ros原癌基因1（ROS1）、转染重排原癌基因（RET）和神经营养因子受体酪氨酸激酶（NTRK）;扩展基因主要包括神经调节蛋白（NRG）、成纤维细胞生长因子受体（FGFR）、间质表皮转化因子（MET）、表皮生长因子受体（EGFR）、人类表皮生长因子受体2（HER2）和鼠类肉瘤滤过性毒菌致癌同源体B1（BRAF）等（表1）。各融合基因在NSC1C中的发生频率差异较大（0.05%8.00%）。需要特别说明的是，作为NSC1C驱动基因变异谱的一部分，尽管融合基因检测方法有其特性，但在临床实践中，检测策略的优化需综合考虑其他区动基因的检测。表1件小细胞IMi蒯中主鳖的融合故因及次批典物

5、融合货闪变*率常见岫合伴IH国家用从监督管理gXMPA”工汨食砧药足管用N在批药物必检欢因A1K5W-8/EMU.TFG,KI1.MKS5.H!P!.TI,11.BIRC6阿米伸尼,立”济尼.恩沙脖尼（仅NMPA）.甯瑞昔尼.布格件尼.洛拉昔尼ROSI2%-3%CI)74JjR.TPM3,S1K4也曲格尼.克小密尼RCTT%KIK5IIXCDC6.NCOA4普拉脖尼.塞普替尼NTRK0.1.I5RADS1.PURB.ANXA2.KF5B.SEPTI4.XMPT未茯批HER20.05%PPPIRIBJ1KZF3CTN.GRB7未贞批BRAF01,-0.2%TRIM244AKMCIO.DOCK九1

6、nID1未共枇表1非小细胞肺癌中主要的融合基因及获批药物一,融合基因检测的临床意义、适用人群及标本类型推荐意见1:推荐病理学诊断为肺腺癌（包括含腺癌成分）的晚期初治NSC1C患者及靶向药物治疗后耐药的NSC1C患者进行融合基因检测（强烈推荐）；建议经活检组织病理学诊断为非腺癌的晚期NSC1C患者及术后明确为浸润性腺癌的I期NSC1C患者进行融合基因检测（推荐）o融合基因阳性NSC1C患者占所有NSC1C患者的8%12%。目前已有多种针对不同基因融合的酪氨酸激酶抑制剂（TKI球批用于临床治疗（表1）,融合基因阳性的晚期NSC1C患者可从相应靶向治疗中显著获益。另外，多项研究显示，受体酪氨酸激酶融

7、合是NSC1C患者接受特定靶向药物治疗后获得性耐药的机制之一。因此推荐初治和靶向药物经治后耐药的晚期NSC1C患者进行融合基因检测，从而为此类患者治疗策略的制定提供依据。此外，研究显示，在可手术切除的NSe1C患者中，与融合基因阴性患者相比，A1K等融合基因阳性患者的术后无复发生存时间较短，提示此类患者更应进行密切随访和术后积极辅助治疗。推荐意见2:推荐首选肿瘤组织学标本进行融合基因检测，无法获取足够肿瘤组织学标本时，可选择细胞学标本。在检测融合基因前，由专业的病理医师对组织或细胞学标本进行肿瘤细胞含量评估（强烈推荐）；无法获取足够肿瘤组织学或细胞学标本时，建议选择液体活检作为补充检测手段（推

8、荐）。NSC1C患者进行融合基因检测时应首选肿瘤组织学标本，无法获取足够组织学标本时可选用细胞学标本，组织学或细胞学标本应由专业的病理医师进行肿瘤细胞含量评估（包括肿瘤细胞比例及数量）。若组织学和细胞学标本均不可及或无法满足检测需求，可选用液体活检标本（血液、浆膜腔积液、脑脊液等的上清液）。但液体活检用于融合基因检测具有较高的假阴性率，研究显示,在初治晚期NSC1C患者中，基于循环肿瘤DNA（CtDNA）的杂交捕获二代测序检测A1K融合的灵敏度仅为64.7%79.2%二、融合基因检测的常用方法推荐意见3:应根据送检标本类型、肿瘤细胞含量、标本质量、所检融合基因特点、平台可及性、检测周期及费用等

9、因素，合理选择检测平台及方式，必要时可多平台互补和验证（强烈推荐）。目前常用的融合基因检测方法包括荧光原位杂交（F1SH）、免疫组织化学（IHC）、即时荧光定量聚合酶链反应（qRT-PCR）和二代测序等。1.FISH:是通过荧光标记的探针与细胞核内的DNA靶序列杂交，并在荧光显微镜下观察分析基因扩增或融合变异的一种分子检测技术，一般被认为是检测基因扩增和融合的金标准，但也存在一定的局限性。如并非所有检测到的融合均会产生可表达的融合RNA分离探针可能会遗漏较小的染色体内重排导致假阴性结果，无法确定和区分不同的融合基因变异亚型等。此外，FISH检测依赖人工判读,对诊断医师要求较高,且检测费用高。2

10、.IHC:是利用抗原抗体反应和化学显色原理，检测组织或细胞学切片中特定蛋白表达的技术。IHC检测灵敏度高、成本低、检测时间短、易于自动化，但其准确性取决于检测的融合蛋白是否有经过验证的抗体，如Ventana-D5F3IHC检测肺腺癌患者A1K融合的准确性高，而R0S1和NTRK阳性IHC结果尚需其他检测方法验证。此外JHC结果的准确性同样依赖病理医师的判读。3 .qRT-PCR:可在RNA水平检测NSC1C中的融合RNA,灵敏度高、检测时间短，但仅限于检测引物设计范围内的已知融合，无法检出未知融合。此外，该方法检测结果的准确性高度依赖标本RNA的质量。4 .靶向二代测序：可以通过大规模平行测序

11、的方法，对引物或探针设计范围内的区域同时进行多个融合基因检测。根据核酸投入物的不同，靶向二代测序可在DNA或RNA水平检测基因融合。(1)靶向DNA二代测序通过杂交捕获建库，仅使用DNA就可同时对多个肿瘤相关基因的突变、扩增、融合及肿瘤突变负荷(TMB)、微卫星不稳定状态进行检测，极大地节约了标本量，并且能够在DNA水平确定基因融合的断点位置和融合伴侣，检出已知和未知的基因融合。若无法获得组织学/细胞学标本或者标本量不足以进行检测，可以从体液标本中提取CtDNA进行二代测序检测。但是，DNA二代测序检测基因融合受中瘤细胞含量、标本DNA质量、捕获探针覆盖度及DNA层面复杂基因变异等影响，可能会

12、出现漏检。另外，随着DNA二代测序在临床分子检测中的广泛应用，越来越多携带罕见伴侣的激酶融合被发现，但某些罕见融合并不能产生有功能的融合RNA/蛋白。(2)RNA二代测序可以通过多重PCR扩增、锚定多重PCR或杂交捕获建库在RNA水平检测融合转录本。与DNA二代测序需要对外显子和内含子区均进行探针捕获相比RNA测序仅需要针对外显子区设计引物或探针，相对简单、经济,不受DNA层面复杂融合的影响，且RNA二代测序能直接真实地反映转录水平融合的表达情况及融合伴侣基因类型。但是,RNA二代测序对RNA的质量要求较高尤其是基于杂交捕获平台的RNA二代测序。需要注意的是，二代测序检测流程相对复杂，试剂平台

13、众多，须充分关注所用平台技术参数，尤其是Pane1设计的覆盖范围和生物信息分析参数，并建立严格的质量控制体系。5 .其他：全基因组测序可以在DNA层面检测所有已知和未知融合，但需要大量的起始DNA,且平均覆盖度较低。全转录组测序可以在RNA层面检出所有已知和未知融合转录本，但对RNA的质量和总量要求高。由于全基因组测序和全转录组测序检测对标本质控要求高，数据分析流程复杂,限制了其在临床检测中的广泛应用。NanoString技术可基于条形码探针标记对特定RNA分子进行计数和定量，无需逆转录或扩增步骤，因此可用于质量不佳的甲醛固定石蜡包埋(FFPE)标本的基因融合检测。与二代测序相比，NanoSt

14、ring的操作流程耗时较短，数据分析简单，但目前受限于设备及探针试剂的可及性，其在临床检测中应用的数据尚少。三、融合基因的共及检测策略推荐意见4:DNA层面检出的罕见融合伴侣、外显子断点融合及基因间融合应在RNA或蛋白水平进一步验证（强烈推荐）。基因融合主要通过染色体结构重排形成，常见的染色体重排发生机制包括倒置、易位、插入、缺失、串联重复、染色体碎裂等，从而在DNA层面形成基因融合。根据5和3端基因断点在基因组的位置不同,基因融合可分为基因内融合、基因间融合和混合性融合。1 .基因内融合：又分为内含子断点融合和外显子断点融合，内含子断点融合是最常见的融合形式，5和3端基因的融合断点均在内含子

15、区，因上下游基因的编码序列均保留完整，绝大多数内含子断点融合能够形成有功能的融合RNAo但仍有少数病例可能会因5和3端基因转录方向不同（对向或反向）而无法形成融合RNA,这些病例的融合伴侣常为罕见基因。因此推荐对DNA二代测序检出的携带罕见伴侣的融合应在RNA或蛋白水平进一步明确。外显子断点融合：即5和3端基因的融合断点有1个或2个位于外显子区,形成外显子-内含子内含子-外显子或外显子-外显子形式的融合。研究发现，在外显子断点融合中，约80%可以形成有功能的融合RNA,而约20%可能因开放读码框架的中断或5和3端基因的转录方向不同而无法形成有功能的融合RNAo因此推荐DNA二代测序检出的外显子断点融合应在RNA或蛋白水平进一步明确，尤其是罕见融合伴侣或外显子-内含子/外显子形式的融合。2 .基因间融合：即5,和3,端基因的融合断点有1个或2个位于基因间非编码区，形成塞因间-内含子内含子-基因间或塞因