Hyperchem分子模拟软件 程序及其应用 中文教程.docx

《Hyperchem分子模拟软件 程序及其应用 中文教程.docx》由会员分享，可在线阅读，更多相关《Hyperchem分子模拟软件 程序及其应用 中文教程.docx（67页珍藏版）》请在第一文库网上搜索。

1、河北师范大学计算量子化学研究所蔡新华教授量子化学在线教学http:/202.206.106.100qc1zh-0,htnHyperChem程序及其应用一、HyperChem程序的运行环境HyperChem程序包，用C+写源程序，具有工作站、微机等不同的版本，作为教学示例,我们向大家介绍适用于微机运行的程序版本。可以通过网络选购HyperChem程序包，也可以免费下载演示版本以供学习只用，现在该公司提供的最新版本为V6.Oo该公司的网址为：该公司与98年诺贝尔奖金得主Pop1e的关系可以参看其网页有关介绍。1、软件环境WindOWS95、Windows98或Windows2000系统。2、硬件环

2、境486以上的微机，内存应在8M以上，硬盘至少有32M以上自由空间。为了能够以最佳方式显示分子图像，最好有VGA以上显示器。3、程序安装使用该程序应注意程序版权（注册）。安装程序默认子目录为：C:hyper6安装完成后，该目录可以看到如下文件，其中，绿色烧杯为执行程序图标。I屏HyPerCUbe,InC,HyP|卜ProgrM有关该程序的使用说明、参考手册等全套文档均可免费获得。二、程序基本使用方法我们以演示版本为例，说明该程序的基本使用方法。1、启动程序在屏幕上，双击绿色烧杯可以得到如下画面：窗口各部分功能简介标题名称：最大、最小化、退出按钮菜单条Fi1eEdit8idSe1ectDtsp1

3、ayDatabasesSe)CorrpjteAmotatmsScrpt-!阴PFI1E.EDIT、BUI1DSE1ECT.DISP1AY、DATABASE、SETUP、COMPUTE、CANCE1SCRIPT、HE1P工具条900中*WmA1DHIQ工作区：状态行：2、打开已存在的数据文件查找范围):1ORGANICS文件名3)：类型：HINfi1e大小：8.50KB1muukuFHI打开Q)文件类型d)：IHyPerChemI*.HIN)取消Comments:Ch1orophy11a,thekeycompoundinvo1vedinphotosynthesis.J选择分子图形的显示方式Dis

4、p1ay-1abe1S可以选择原子、化学键等标记方式:DiSpay-RenderingRenderingOptions确定取消IRenderings-Ba11sHyperChem-C60.HIN-11X1FiieEditBuidSe1ectDisp1ayDatabasesSetupComputeAnnotationsScriptCance1He1pA1口|司卬倒曾降Atomnumber23isCarbon(mm+CA0)at-8.687987.0348-2.27864.Rendering-Ba11sandCy1indersfe.HvnerChem-C60.HIN3、建立计算分子的数据文件以丁二

5、烯为例：选择BUiid-DefaUItE1ement可以显示指定元素的基本性质:选择绘图工具后，得到碳碳骨架。左键、右键增减键序E1ementProperties1HHydrogenAtomiCWeight1.00794E1ectronegativity:2.20E1ectronConfiguration:1s1AtomicRadius:0.25?Ist1onizationPotentia1:13.598VMe1tingPoint(1atm):259.34雳2ndIonizationPotentia1:n/aBoi1ingPoint(1atm):25287雳3rdIonizationPoten

6、tia1:n/aHeatofFusion:0.(KkJAno1Density(298K):0.00g/cm?HeatofVaporization:0.45kJmoiSpecificHeat(STP):14.30JZgK把2D骨架转换为3D图像EHyPerehem-(Untit1ed)-111R1eEditBui1dSe1ectDisp1ayDatabasesSetupComputeAnnotationsScriptCance1He1pExp1icitHydrogensDefau1tE1ement.AddHydrogensAddH&Mode1Bui1dConstrain1engthandAng1

7、esA1owArbitraryVa1enceSetForma1Charge.UnitedAtomsA1AtomsCa1cu1ateTypesCompi1eTypeRu1esSetAtomTyee.SetMass.SetCharge.SetCustQm1abe1,ConstrainGeometry.,Constrain且nd1ength.Bui1t6atoms.AbInitk/Se1ect选定原子后，状态行提示原子标号、坐标等结构信息。保存为数据文件如需要修改原子骨架，比如把某个氢原子改为氯原子:选定缺省元素后，在指定原子位置上双击即可。移动、旋转、放大、缩小分子图像此时，可以用BUi1d-Se

8、t设定初始数据，如键长、键角、形式电荷等等。也可以用来直接测定分子构型数据三、优化分子构型1、丁二烯分子体系能量极小值的计算记录输出结果：FI1ESTART1OG-.绘出丁二烯分子骨架模型:DRAW测量键长、键角、二面角等结构信息：SE1ECThHyPerChem-(Untit1ed)I巫凶A1eEditgui1dSe1eCtQisp1ayDatabasesSetupCC1mPUteAnnotationsScriptZance1He1p(S)O0+II,ImA1GPJj昌I父IHBonddistancefromatom1toatom2is1.34?.AbInitic,KHYParChem-(U

9、ntit1ed)-Fi1eEditgui1dSe1ectQtsp1ayDatabasesSetupComputeAnnotationsSC1iPtCance1He1p&I|0|+1,11A1口I倒。I111用半经验方法优化分子构型Setup-CNdoii-.HyperChem-(untit1ed)Fi1eEditBui1dSe1ectDisp1ayDatabasesSetupCOmPUteAnnotationsScriptCance1He1p()0bZtf1A1nModu1arMechanics.Chooseasemi-empirica1computatiCNDOSemi-empirica1M

10、ethodJSeri-empinca1Options1MethodsPo1arizabities.ConfigurationInteraction.StateG1owestNext1owest-OvedapWeightingFactors-Sma-Sigma:PiPi:OK&ncdExtendedHiicke1jCNDd1NDO,MIND03MNDOMNDO/dAM1PM3ZINDO/1ZINDO/SChargeandSpinTota1charge:B-Spinrnuftip1icity:SPrIPaifing1CUHF?RHFSCFContro1sConvergence1imit0.0001

11、Iteration1imit:(50一PAcce1erateconvergenceCOMPUTE-GEOMETRY-111Fi1eEdit&i1dSe1ectQtsp1ayDatabasesSetupiQomputeAnnotationsSC1iPtCance1He1pA1口国Q1XSing1ePointQeometryOptimizatran.Mo1ecu1arDynamics.1angevinDynamics.MonteCar1o.VibrationsTransitionState.Eroperties.P1otMo1ecu1arGraphs.Orbita1s.Vibrationa1Spe

12、ctrum.E1ectronicSpectrum.,.Potentia1.,.Conformationa1Search.QSARProperties.Findanoptima1conformationSemi-empirica1Optimization1A1gorithmSteepestDescentF1etcher-Reeves(Conjugategradient)goiaik-Ribierd(Conjugegradient)Eigenvectorfo11owingB1ock-diagona1Newton-RaphsonOptionsTerminationConditionRMSgradie

13、ntof:faikca1(?mo1)maximumcyc1es(InyacuoPeriodicboundaryconditionScreenrefreshperiod:cyc1esQKICance1测量键长、键角、二面角等结构参数。对给定体系优化构型后，可对优化后的构型再进行单点计算。计算结果的输出文件HyperChem1ogstartSunMay2821:38:152(X)0.Geometryoptimization,SemiEmpirica1,mo1ecu1e=(untit1ed).CNDOPo1akRibiereoptimizerConvergenceIinit=0.0001000Ite

14、rationIinit=50Acce1erateconvergence=YESOptimizationa1gorithm=Po1ak-RibiereCriterionofRMSgradient=0.0100kca1/(Amo1)Maximumcyc1es=150RHFCa1cu1ation:Sing1etstateca1cu1ationNumberofe1ectrons=22NumberofDoub1eOccupied1eve1s=11ChargeontheSystem=0Tota1Orbita1s=22StartingCNDOca1cu1ationwith22orbita1sIter=IDiff=7144.22066Iter=2Diff=5.36263Iter=3Diff=O.48300Iter=4Diff=O.05233