临床下一代测序的自动化与常规化专家共识（2023）要点.docx

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1、临床下一代测序的自动化与常规化专家共识（2023 ）要点摘要：下一代测序（NGS ）应用于临床十余年以来，至今尚未能形成成 熟的自动化与常规化检测手段。本共识面向临床NGS检测的学科和应用， 根据临床NGS应用的现状，结合国内外相关检测产品、共识规范以及临 床的实际需求，针对临床NGS自动化与常规化的建设路径，形成专家共 识，给出相关建议，旨在推动临床NGS技术的进一步推广及应用，提高 我国临床NGS的整体水平以及为精准医疗服务的效率。引言下一R测序（NGS ）技术与传统的分子检测技术相比，以高通量、低成本 和靶标广泛的优势而快速发展，从2011年开始应用于临床并逐步深入， 特别是在无创产前诊

2、断（NlPT ）新生儿筛查、罕见病辅助诊断、感染病 原体的鉴定、肿瘤分型、肿瘤靶向药物筛查和伴随诊断等方面发展迅速。 但除NIPT,对于临床医疗的很多需求，NGS尚未形成成熟的常规化检测 手段，NGS应用的临床覆盖范围也远低于预期，其核心原因之一是自动化 程度不足以及常规化体系不完善。1临床NGS自动化与常规化的需求随着NGS技术的迭代、民生健康筛查工程的推出以及新冠病毒核酸检测 的市场教育，NGS在临床中的应用逐步深入并展现出广阔的前景，其应用 包括癌症等疾病相关的致病机制及遗传基础研究、孕前及产前筛查、辅助 生殖的胚胎植入前筛查、遗传病诊断、肿瘤早筛、肿瘤伴随诊断、肿瘤复 发监测和感染病原

3、体的鉴定等。近年来,各国陆续发布了临床NGS应用的相关指南,涵盖了遗传性疾病、 肿瘤、感染性疾病和生物信息流程等方面。近年来，中国临床基因检测的需求和产业发展的驱动，使相关行业共识的 发布逐年增多。相对于其他传统的分子诊断方法，NGS是临床分子诊断的 有力工具，主要体现在以下几个方面：1 ）通量灵活。2 ）成本低廉。3 ）靶标广泛。1.2目前临床NGS的局限其原因除存在市场不确定的环境因素外，主要还是NGS的临床价值和经济价值尚未得到更大程度的挖掘，关键影响因素之一是自动化程度低，包 括：1）实验环节冗长，导致难以规范化，例如样本采集、核酸提取和建 库等。2 ）手工操作步骤多，检测周期较长。3

4、 ）生物信息分析未标准化。 4 ）数据解读依赖人工。5 ）数据管理繁杂，数据挖掘不充分。2临床NGS常规化与自动化2.1 规范化采样2.1.1 自动化采样2.1.2 居家自采样2.1.3 院内采样共识1 :规范化采样是临床NGS常规化的基础,实现自动化采样是重点， 是持续降低采样时间和成本并提高用户体验的手段。目前，居家自采样仅 适用于表皮拭子和唾液采集；院内采样建议培训专们的医生、护士或遗传 咨询师进行样本的规范采集、保存转运以及人类遗传资源的合规管理等操 作。2.2.1酶反应1.1.2 片段大小筛选1.1.3 文库均一化和混库自动化1.1.4 杂交捕获1.1.5 建库全自动一体机共识2 :

5、目前核酸提取纯化和建库的自动化程度已相对较高，未来需进 一步提高其便捷度和降低操作周期，以及进一步提高在质检、杂交和洗脱 试剂及耗材准备等方面的自动化水平，提高一体化程度并拓展适用范围, 进一步将临床基因检测各环节有机整合。同时，还需要在不同建库流程间 构建一致性评判标准。2.3 更灵活的基因测序系统共识3 :临床NGS应用实现常规化，亟需更灵活的基因测序系统，包括 灵活的通量、更低的起始量、更短的检测周期以及不同工作流程模块的集 成。同时，测序仪与自动化核酸提取纯化和建库设备的有机整合是未来临 床NGS常规化的趋势和必备的硬件基础设施。2.4 生物信息分析自动化及参考数据库建设共识4 :物信

6、息分析自动化需建立不同样本类型及分析场景的规范及标 准，并扩展分析工具对不同数据类型的兼容，形成即可独立分析的管道， 又可组装至自动化系统的分析流程；此外，需建立普遍适用且可定期更新 的参考数据库并建立版本控制。在对大规模数据分析时，需配备对应的网 络传输工具以及数据管理架构，形成有效的协作空间。2.5 临床NGS数据解读和遗传咨询常规化共识5 :临床NGS检测前/检测后的遗传咨询是有效利用NGS数据并服 务患者的必要环节。我国需要尽快健全遗传咨询师的培养、培训和认证体 系，将临床NGS纳入医院信息系统，鼓励医院设置遗传咨询师岗位，发 挥遗传咨询师在科室团队中的作用。同时，促进遗传咨询远程会诊

7、平台的 建设，推动开发权威的标准化在线决策支持平台，加强报告解读过程的自 动化。对于部分无需深度遗传咨询的疾病检测，可建立自动化报告系统产 品来辅助医生提高效率。2.6 整合临床NGS结果和表型信息至医疗信息化系统共识6 :将临床NGS报告通过数字化平台分发，可提高诊疗协作效率, 有利于数据报告的迭代优化，未来可辅以数据可视化及数据管理等功能； 将临床NGS结果与HIS和EHR有机融合，提高诊断效率，提高I缶床科研 便捷性，有助于遗传咨询体系的完善和个人及群体遗传资源的保护，从长 远角度将更有利于推动建立真正的数字化医疗健康基础设施2.7 LDT和IVD并存发展共识7 : IVD和LDT是未来

8、临床NGS服务并存的两种方式，建议出台 政策鼓励和加速不同病种的IVD产品研发；建议加速出台促进LDT的政 策、规范及行业指南,鼓励基于NGS的创新应用，推动更多有效的NGS 技术普及临床，服务大众。2.8 降低和分摊NGS成本，促进其加速进入医保共识8 :降低成本是关键。建议通过提升测序技术和优化检测流程实现 降低NGS的应用成本；与此同时，促进NGS进入医保，以及推动社保和 商业保险参与，鼓励新药研发与临床诊疗结合，拓展分摊NGS成本的途 径。2.9 加强医患培训和NGS科普教育共识9 :加强宣教是基础。推进临床NGS的常规化，应将加强开展专业 技术人员培训以及对患者及家属进行科普教育作为

9、基础。同时，加强相关 人员对临床NGS结果和规范的理解和使用，这有助于缓解当前专业人员 极度匮乏的现状。2.10 建立数据安全管理和利用的规范共识10 ：加强保护促进利用。加强人类遗传资源的管理是保障临床NGS 数据安全及合规利用的基础，需为此建立数据合规转化的系统及平台，并 加以规范和试点。使相关人群的重要且敏感的基因信息以及临床诊疗信息 得以体系化管理和保护；与此同时，临床NGS数据有效且合规地利用对 于科技突破、产业发展和临床服务具有战略价值。总之，本共识认为，为促进NGS的发展和应用，在行业战略层面，应将 实现创新、突破瓶颈以及争取领先作为目标，加强行业内部的协作，为建 立规范标准达成共识，为促进临床应用做好基础建设，为数据开发利用铺 路搭桥。在行业发展层面，为实现突破瓶颈，应总结行业内在创新路上的 成功者、失败者和前行者的案例，这在当前的国际国内科技发展形势下尤 为重要。创新是行业发展的根本，结合2018年创新医疗器械特别审查 程序的精神，监管层面应给予政策倾斜，鼓励企业在专利申请、国内首 创、国际先进和显著临床价值几方面实现弯道或换道超车，使NGS逐步 实现常规化、商业化、进医保的可持续发展路径。